A Ganz-gyárban már kezdetben olyan nagy szaktudást és rátermettséget igénylő feladatokkal bízták meg, mint az akkor épülőfélben lévő elevátor felszerelésének befejezése és az ott szükségessé váló gabonaszállítók és daruk szerkesztése, vagy Mechwart András találmányának, a Mechwart-féle forgóekének a megszerkesztése.

Ezen időszakra esik a közvélemény előtt talán legismertebb találmánya, a Bánki-Csonka féle karburátor szabadalmaztatása. Amikor tudomására jutott, hogy Csonka János, a József Műegyetem gépműhelyének vezetője gáz- és benzinmotorok szerkesztésével és gyártásával foglalkozik, csatlakozott hozzá, és együttes erővel láttak neki a motorok fejlesztésének. Nagy elméleti tudását és képzelőerejét hatékonyan egészítette ki Csonka János gyakorlati jártassága. Együttműködésükből számos szabadalom született: mint például az "Újítások petroleum-mótorokon".

Ez utóbbi szabadalomban fogalmazták meg a porlasztó működési elvét, ekképpen:
„Gépünknél a táplálás petróleum szivattyú nélkül történik, amennyiben az egy-egy hengertöltéshez való petróleum mennyiségét a gépbe szívott levegő magával ragadja”, s a megoldást "Petróleum mótor etetőkészüléke" címmel külön is szabadalmaztatták. A porlasztó ötletét a legenda szerint közös kísérletezésükből hazafelé tartva egy virágáruslánytól vették, aki a szájában tartott vékony csőbe levegőt fújva oszlatta permetté a virágjainak szánt vizet. Csonka János így írta le: „Látva a virágárust, hogyan fogja az ő üvegfúvókáján por alakban az ő virágaira a vizet, mondtam Bánkinak, hogy ugyanezen módon kell nekünk a petróleumot vagy benzint elpárologtatni, hogy az égés tökéletes legyen. Ezen észrevétel után néhány napra összeültünk Bánki adjunktussal, és Asbóth tanár úr szertárában együttesen megszerkesztettük a porlasztót.”

Bár manapság a karburátor elvesztette jelentőségét a gépkocsi iparban - mert ma már leginkább befecskendező-rendszereket alkalmaznak a gépjárművek belsőégésű motorjaiban - technikatörténeti szempontból nem lényegtelen annak ismerete, hogy az elmúlt száz esztendő alatt több százmillió autó és repülő rendelkezett ilyen tüzelőanyag-ellátó berendezéssel.

Szegényes viszonyainknak és gázmotoriparunk akkori fejletlenségének kell tulajdonítanunk, hogy Bánki konstrukciójáról a világ nem vett rövidesen tudomást, így Maybachnak – aki Bánki után, de lehet, hogy tőle függetlenül valósította meg ugyanazt a gondolatot – tulajdonítják az elsőséget.

Szabadalmait tudományos kutatásaival támasztotta alá, és eredményeit tanulmányaiban tette közzé, melyek közül az egyik legjelentősebb, ebben az időszakban keletkezett dolgozata "A gázmotorok elmélete", melyben elsőként mondja ki, hogy a benzin- és olajmotorok hatásfoka vízbefecskendezéssel növelhető, illetve hogy valamely hőmotor melegkihasználása annál jobb, minél nagyobb a gázkeverék kompressziója az elégés előtt. A Magyar Mérnök- és Építész-Egylet ezért a dolgozatért Bánki Donátnak 1892-ben a Hollán-díjat második alkalommal is odaítélte (az elsőt még 1887-ben kapta "Bánki Donát szabadalmazott erőmérője" című publikációjáért).

1902-ben készült el új gondolatát megvalósító elsőkerék-hajtású gépkocsija, mellyel az akkor általánosan elterjedt hátsókerék-hajtás problémáit kívánta kiküszöbölni. Az általa tervezett és a Ganz-gyárban elkészült automobilnál a motort, a sebességváltót és a differenciálművet egy tömbbe építette fel, s az első kerékpár tengelyére helyezte.

A század elején a gőzturbinákkal kapcsolatos munkásságát kell kiemelni. Az ekkoriban elterjedő gőzturbinák természetesen felkeltették Bánki érdeklődését is. A gőzturbinák veszteségeinek aprólékos vizsgálatával és kísérleti meghatározásával folyt bele a felmerülő elvi és gyakorlati kérdések megválaszolására irányuló munkába. Eredményeit rendszeresen publikálta hazai és külföldi szaklapokban.

Az 1908-as USA-beli tanulmányútját követően a repülés iránt érdeklődik. Ahogy a "Repülőgépek gépi kormányzása" című, a Magyar Aeroszövetség hivatalos lapja 1913 számában kiemeli: "A légi utazás biztos csak akkor lehet, ha gépi berendezéssel tudjuk kormányozni..." Ennek kifejlesztése érdekében hidraulikus szervomotorból álló stabilizátort szerkesztett és szabadalmaztatott 1909-ben.